Consta de tres (3) fajas horizontales, cuyos colores, en orden descendente son el Azul, Blanco y Amarillo. El azul simboliza la dimensión espiritual y mariana del estudiante. El blanco la ética y los valores de los que debe hacer gala el Sanluiseño.El amarillo simboliza el amor al trabajo y el afán por generar bienestar para todos. 

Tuvo su origen, en un concurso propuesto por el departamento de Ciencias Sociales del Colegio, en mayo de 1945, donde ganó el proyecto presentado por el alumno Pablo Marulanda de grado octavo.